农村自建房签订的安全协议在满足法律规定的条件下是有效的。以下是具体分析：

一、合同的有效性基础

主体资格

签订方需具备完全民事行为能力（如年满18周岁的自然人）或经法定代理人同意的民事行为能力人。若涉及法人或其他组织，需具备合法主体资格。

意思表示真实

协议内容需反映双方真实意愿，不存在欺诈、胁迫等情形，确保协议公平公正。

内容合法性

必须符合《民法典》等法律法规的强制性规定，例如不得违反宅基地使用管理法规，且不得损害社会公共利益。

二、安全协议的特殊要求

农村自建房作为施工合同的一种，安全协议是必备条款，需明确：

承建方的安全生产责任（如签订承诺书、配备防护设施、开展安全培训等）；

施工过程中的安全管理制度（如人员管理、设备维护、工序规范等）。

三、法律后果

有效性与执行力

合同依法成立即具法律效力，双方需严格履行。若一方违约，另一方可通过诉讼主张权利。

争议解决

协议中可约定争议解决方式（如仲裁或诉讼），未约定时适用《民法典》相关规定。

四、注意事项

安全协议需与主合同同步签订，且内容不得与主合同相抵触；

若涉及房屋产权变更，需依法办理权属登记，但不影响合同效力。

综上，农村自建房安全协议在主体合格、意思表示真实、内容合法的前提下是有效的，且受法律保护。